در ۲۱ آذر ۱۳۲۴ سیدجعفر پیشهوری، رهبر فرقه دموکرات، تاسیس حکومت خودمختار آذربایجان را اعلام کرد و درست یک سال بعد در ۲۱ آذر ۱۳۲۵ در برابر حمله قوای ارتش، عقبنشینی کرد و به باکو گریخت و در ۲۰ تیر ۱۳۲۶ در یک سانحه اتومبیل در این شهر کشته شد.
سیدجعفر پیشهوری در ۱۲۷۲ در روستای زاویه خلخال به دنیا آمد. در ۱۲۸۴ به همراه والدین خود رهسپار باکو شد و در آنجا به تحصیل و کار پرداخت. با پیروزی انقلاب بلشویکی، جذب کمونیسم شد و در ۱۲۹۷ در ۲۵ سالگی به عضویت کمیته مرکزی «حزب عدالت» و دفتر سیاسی آن درآمد. در اردیبهشت ۱۲۹۹ همراه با قوای ارتش سرخ که در تعقیب روسهای سفید وارد گیلان شده بودند، به ایران آمد و به همراه تعداد دیگری از اعضای حزب عدالت در ۳۰ خرداد ۱۲۹۹ اولین کنگره حزب کمونیست ایران را در بندر انزلی برپا داشتند. در این کنگره، پیشهوری عضو کمیته مرکزی حزب شد. او ارگان حزب کمونیست در رشت را نیز منتشر کرد و مدیریت آن را برعهده گرفت. مدتی با عوامل جناح چپ نهضت جنگل از جمله احسانالله عمواوغلی همکاری کرد اما پس از شکست نهضت جنگل به باکو رفت و وارد فعالیتهای مطبوعاتی شد. در ۱۳۰۴ رابط حزب کمونیست ایران و «کمینترن» شد. در ۱۳۰۶ در کنگره دوم حزب کمونیست ایران که در شهر رستوف در نزدیکی مسکو برگزار شد، دبیر کمیته مرکزی و تشکیلاتی حزب در تهران شد. او سپس به تهران آمد اما در ۶ دی ۱۳۰۹ دستگیر شد و تا پایان حکومت رضاخان به مدت ۱۱ سال در زندان ماند. او در تمام طول دوران زندان عضویت خود در حزب کمونیست را انکار کرد. پیشهوری در اسفند ۱۳۱۸ در دادگاه جنایی به جرم تبلیغ کمونیسم و عضویت در حزب کمونیست به ۱۰ سال زندان محکوم شد. در دوران محکومیت میان وی با اکثر هم حزبیهایش اختلافات شدیدی بروز کرد که یکی از علل آن اصرار پیشهوری در کتمان سمت حزبی و سوابق خود بوده است.
پیشهوری در ۱۲ شهریور ۱۳۲۴ حزب دموکرات آذربایجان را بنیان نهاد و در ۲۱ آذر این سال حکومت خودمختار آذربایجان را اعلام کرد. ۴۰ روز بعد از آن، در دوم بهمن سال ۱۳۲۴ از سوی حزب دموکرات کردستان در شهر مهاباد «جمهوری خودمختار» اعلام شد. تشکیل جمهوریهای خودمختار آذربایجان و کردستان از تبعات حضور درازمدت نیروهای شوروی در ایران و ناشی از شکست روسیه در کسب امتیاز استخراج و بهرهبرداری از نفت دریای خزر از دولت ایران بود. در آن زمان استانهای آذربایجان شرقی، آذربایجان غربی، اردبیل، مازندران، نیمی از استان کردستان و همچنین بخشهای وسیعی از شمال استان خراسان تحت اشغال نظامیان روس بود. حضور نیروهای نظامی روسیه در خاک ایران و امتناع آنان از خارج شدن از شهرهای شمالی کشور مغایر با تعهدات مسکو در اجلاس سران آمریکا و روسیه و انگلیس در تهران بود. پس از آن ،تقریبا همه روزه رادیو مسکو از جمهوریهای خودمختار کردستان و آذربایجان ایران به نیکی یاد میکردند. این در حالی است که به اعتراف اکثر مورخان بیطرف، نه در آذربایجان و نه در کردستان، زمینهای برای اینگونه شورشهای قومی وجود نداشته و احزاب دموکرات به دلیل ارتباط آشکار با نظامیان اشغالگر روسیه، هیچگاه در دو منطقه یاد شده با استقبال مردمی مواجه نبودهاند.تشکیل دو حزب دموکرات کردستان و آذربایجان و حوادث بعدی آن از جمله خلع سلاح تدریجی کلانتریها و پادگانها و تشکیل پارلمان محلی و دولت محلی و ارتش محلی و اجرای خودسرانه احکام اعدام و مخالفت با تدریس زبان فارسی در مدارس و غیره که تعرض به تمامیت ارضی کشور بود، دولت وقت ایران را واداشت تا تحت تأثیر فشار افکار عمومی مردم، ارتش را برای سرکوبی تجزیه طلبان و عاملان فتنه آذربایجان و کردستان، روانه منطقه سازد. ولیکن سربازان روسی که همچنان در خاک ایران حضور نظامی داشتند و برای خود در شمال کشور پادگان نظامی و پستهای بازرسی و قلمرو امنیتی تعیین کرده بودند، مانع از آن شدند که نیروهای ایرانی از محدوده شهرک شریفآباد در شش کیلومتری قزوین جلوتر بروند. این برخورد نیز خود یکی دیگر از جنبههای تیرگی شدید روابط موجود میان ایران و شوروی بود. در آن زمان اصرار روسها به کسب امتیاز استخراج و بهرهبرداری از نفت ایران در دریای خزر، حضور نظامی آنان در شهرهای شمالی ایران، حمایت سیاسی و نظامی آنها از حزب توده و یا احزاب دموکرات کردستان و آذربایجان، اشکال متفاوت دخالت مسکو در امور داخلی ایران تلقی میشد. از این رو با اوجگیری اختلافات ایران و شوروی دولت وقت ایران ـ ابراهیم حکیمی ـ در ۲۹ دی ماه سال ۱۳۲۴ در نامهای به دبیرکل سازمان ملل از وی خواست برای پایان دادن به این مداخلات که ناقض تمامیت ارضی کشور و بیحرمتی به حق حاکمیت ملی مردم ایران بود، اقدام کند. شورای امنیت سازمان ملل متحد نیز در پی تشکیل اجلاس ویژهای از دولتین تهران و مسکو خواست اختلافات خود را از طریق مذاکره و گفتوگو حل و فصل نمایند.
در پی این درخواست و جنگ تبلیغاتی شدیدی که دولت ابراهیم حکیمی در تهران علیه روسها براه انداخته بود، استالین در روز اول بهمن ماه سال ۱۳۲۴ سفیر خود را از تهران فراخواند و روابط دیپلماتیک خود با ایران را در شرایطی که دهها هزار سرباز روسی در خاک ایران حضور نظامی داشتند، قطع کرد. شاه ایران که نگران ادامه حکومت خود بود و از آینده تیرگی با روسها میهراسید با اقدام دولت حکیمی در بردن شکایت علیه روسها به سازمان ملل مخالف بود و لذا به دنبال اعلام قطع رابطه شوروی با ایران، حکیمی را مجبور به استعفا کرد و در ششم بهمن احمد قوام ـ قوامالسلطنه ـ را به نخستوزیری کشور گماشت. در این اثنا قاضی محمد و پیشهوری در کردستان و آذربایجان به سرعت در حال تقویت مواضع سیاسی نظامی و تثبیت موقعیت خود در این دو استان بودند. روزی نبود که یک کلانتری یا یک مرکز دولتی در دو منطقه یادشده مورد تعرض قرار نگیرد و روزی نبود که تصمیمی در ابعاد فرهنگی، اجتماعی، اقتصادی و یا نظامی به منظور جدا ساختن عملی کردستان و آذربایجان از پیکره ایران به اجرا گذارده نشود. دو جمهوری کردستان و آذربایجان به سرعت در مسیر تجزیهطلبی پیش رفتند تا جایی که در سوم اردیبهشت سال ۱۳۲۵ یک «معاهده دوستی و همکاری» بین روسای جمهوری این دو به اصطلاح حکومت به امضاء رسید و طرفین از همتای خود در جمهوری آذربایجان شوروی یعنی میرجعفر باقروف دعوت کردند تا در رأس یک هیات بلندپایه از این دو جمهوری نوظهور رسما بازدید کند. در کردستان ملامصطفی بارزانی از سوی قاضی محمد به مقام ژنرالی نائل گردید و به عنوان فرمانده نیروهای به اصطلاح مردمی جمهوری مهاباد گمارده شد. ملامصطفی پیشنهاد ایجاد پرچم جدید برای کردستان را جدا از پرچم ایران به قاضی محمد داد. او بود که بسیاری از حملات چریکی شبانه را علیه کلانتریها و مراکز انتظامی و نظامی کردستان ایران طراحی و فرماندهی میکرد.
در ۲۶ اسفند ۱۳۲۴ دولت ایران بار دیگر نسبت به ادامه حضور غیرقانونی روسها در خاک ایران به دبیرکل سازمان ملل شکایت برد. این شکایتنامه با حمایت انگلیس و آمریکا مواجه شد و موجبات جنگ تبلیغاتی غرب را علیه شوروی فراهم آورد. تریگولی، دبیرکل سازمان ملل اکیدا از شوروی خواست نیروهای خود را هر چه سریعتر از خاک ایران خارج نماید و به حضور نظامی خود پایان دهد.اتحاد جماهیر شوروی به خاطر آنکه مورد تهاجم شدید تبلیغاتی جهان قرار گرفته بود، ناچار شد از موضع خود عقبنشینی کند.
در پی خروج نظامیان روسی از شمال ایران، حکومت شاه در ۲۱ آذر ۱۳۲۵ دستور حرکت ارتش به استانهای کردستان و آذربایجان را صادر کرد. روسها از دو حزب دموکرات خواستند در برابر تهاجم نظامی حکومت مرکزی مقاومت نکنند و عقبنشینی نمایند.در نتیجه سیدجعفر پیشهوری، رئیس حزب دموکرات آذربایجان علیرغم در اختیار داشتن یک میلیون قبضه اسلحه از طریق مرزهای شمالی کشور به شوروی گریخت. در عین حال در نتیجه برخورد خونینی که میان ارتش و اعضا و هواداران مسلح وابسته به حزب دموکرات رخ داد، صدها نفر از طرفین کشته یا مجروح شدند و تعداد زیادی نیز توسط سربازان رژیم شاه دستگیر گردیدند. علاوه بر این بیش از ۳۰ هزار تن از مردم نیز خانه و کاشانه خود را به سوی مرزهای شمالی کشور ترک گفتند و بسیاری از آنها به ناچار وارد آذربایجان شوروی شدند. به طوری که در سال ۱۳۲۶ روزنامههای باکو تعداد پناهندگان آذربایجان را نزدیک به ۲۰ هزار نفر ذکر کردند. اما قاضی محمد که خود از روحانیون کردستان بود به تصور آنکه میتواند به گونهای با ارتش کنار آید، در مقام رییسجمهوری مهاباد و رهبر حزب دموکرات کردستان به افراد خود دستور داد حتی یک گلوله به طرف سربازان ارتشی شلیک نکنند. ارتش رژیم شاه که دو ماه پس از سرکوبی خونین غائله آذربایجان به سوی کردستان به راه افتاده بود، در اوایل اسفند ۱۳۲۵ بدون درگیری وارد مهاباد شد. قاضی محمد خواستار گفتوگو با فرمانده ارتش گردید و گفتوگوهای محدودی نیز صورت گرفت و لیکن سرانجام وی به اتفاق برادران و بستگانش و اکثر کسانی که در تشکیل حزب دموکرات کردستان نقشی ایفاء کرده بودند، به فاصله یک هفته پس از ورود ارتش به مهاباد بازداشت شدند. قاضی محمد در دهم فروردین ۱۳۲۶ به همراه سه نفر دیگر از جمله سیف قاضی وزیر جنگ کردستان و برادر قاضی محمد، در تهران به دار آویخته شدند. سپس سه نفر دیگر از همدستان وی در هفدهم همان ماه در مهاباد و ۱۵ نفر دیگر در سقز اعدام شدند. افراد ملامصطفی بارزانی نیز در حین ورود ارتش به مهاباد به تدریج در جریان یک رشته درگیری با سربازان شاه موفق شدند همراه با خود وی به خاک شوروی بگریزند. بدین ترتیب غائله دو حزب دموکرات در کردستان و آذربایجان فرونشانده شد.
